Sosuke, un niño de cinco años, vive en lo más alto de un acantilado que da al mar. Una mañana, mientras juega en una playa rocosa que hay bajo su casa, se encuentra con una pececita de colores llamada Ponyo, con la cabeza atascada en un tarro de mermelada. Sosuke la rescata y la guarda en un cubo verde de plástico. Ponyo y Sosuke sienten una fascinación mutua. Él le dice: “No te preocupes, te protegeré y cuidaré de ti”. Sin embargo, el padre de Ponyo, Fujimoto, que en otro tiempo fue humano y ahora es un hechicero que vive en lo más profundo del océano, la obliga a regresar con él a las profundidades del mar.

“¡Quiero ser humana!”, exclama Ponyo y, decidida a convertirse en una niña y regresar con Sosuke, escapa. Se desata el caos. Las aguas se agitan. Las hermanas de Ponyo se transforman en enormes maremotos con forma de pez que llegan hasta la casa de Sosuke, en lo alto del acantilado. La locura del mundo marino envuelve el pueblecito de Sosuke, que se sumerge bajo las olas...

Una niña y un niño. Amistad y responsabilidad. El mar y la vida misma. Una historia apasionante sobre una madre, su hijo y una pececita muy curiosa.