En un área remota de la región de Johto hay un lugar con aguas mágicas, montañas prohibidas... y un extraordinario secreto Mewtow y sus amigos los superclones Pokémon han encontrado finalmente una isla donde poder vivir, lejos de los ojos curiosos y los severos castigos de los humanos. Mewtow había borrado la memoria de todos los seres su batalla con Mew, los clones e incluso su propia existencia. Ahora, la líder del Team Rocket ha descubierto el escondite secreto de Mewtow. Por suerte, también se encuentran allí Ash, Pikachu y sus amigos. Pronto Giovanni se enfrentará a Mewtow con un terrible desafío: o se somete a su poder o sacrificará a los super-clones. Una batalla espectacular está a punto de comenzar, pero los increíbles efectos de su isla secreta entran en juego, dejando el destino de Mewtow en las manos de Ash.

Secuela de "Pokémon: La Película" lanzada directamente a vídeo y DVD.