Una catástrofe de magnitud inigualables destruyo el planeta. Este suceso, llamado «Segundo Impacto», provocó la muerte de la mitad de la población y dejó claros vestigios de destrucción en numerosos lugares del mundo. Cuando todo indica que la vida vuelve a ser más tranquila, un chico de 14 años llega a Tokio 3 convocado por su padre, y espera a que alguien venga a buscarle.