Mientras se divierten en Maga Mountain, su parque de atracciones favorito, los tres hermanos ninja son testigos del secuestro de una estrella de la TV, Dave Dragon, por el malvado Lothar Zogg y su jefa Medusa, que odia a los niños. Los ninjas tienen que contraatacar cuando los hombres de Medusa invaden el parque y exigen al dueño diez millones de dólares.

Cuarta y última entrega de la saga iniciada en 1992 con "3 pequeños ninjas".