Su argumento sigue a Suzume, una joven de 17 años de un tranquilo pueblo de Kyūshū que durante un viaje a las montañas conoce a un viajero, a quien seguirá hasta las ruinas de un edificio. Y en medio de esas ruinas, una puerta en perfecto estado. Suzume abrirá dicha puerta por inercia, sin saber qué hay al otro lado... pero su acción provoca un efecto cadena y que se abran otras puertas por todo Japón, invitando de esta manera a un peligro desconocido a nuestro mundo. Para deshacer el daño, Suzume deberá emprender un viaje por todo el país para cerrar una a una estas puertas.