Puhdistus nos introduce en la historia de dos mujeres en dos épocas diferentes, unidas por situaciones de engaño, desesperación y miedo. Aliide ha experimentado los horrores de la era de Stalin y la deportación de los estonios a Siberia, pero tiene que hacer frente a su culpa de oportunismo e incluso homicidio. Una noche de 1992 se encuentra con una joven en el patio de su casa. Zara acaba de escapar de las garras de la mafia rusa que la mantuvo como esclava sexual. Aliide, más tarde, descubre que la chica está relacionada con ella y su pasado. Sobrevivientes ambas, Aliide y Zara se involucran en una aritmética compleja de sospecha y revelación. Poco a poco, va surgiendo un drama familiar trágico de rivalidad, lujuria y pérdidas que se desarrolló durante los peores años de la ocupación soviética a Estonia.