El psiquiatra Atsuko Chiba ha desarrollado un método de terapia revolucionario denominado “PT”, un prototipo de máquina experimental gracias a la cual es posible introducirse en la mente de los pacientes para tratar sus ansiedades. Uno de los modelos de PT es robado del laboratorio del Dr. Atsuko y comienzan a utilizarlo para invadir las mentes de sus creadores, destruyendo sus personalidades mientras duermen. Convertido en Paprika, el avatar que adquiere el psiquiatra en el interior de los sueños, se dará pie a una investigación onírica para dar con el causante del robo y descubrir sus verdaderas intenciones.