Siglo IV. Egipto está bajo el Imperio Romano. Las violentas revueltas religiosas en las calles de Alejandría alcanzan a su legendaria Biblioteca. Atrapada tras sus muros, la brillante astrónoma Hypatia (Rachel Weisz) lucha por salvar la sabiduría del Mundo Antiguo con la ayuda de sus discípulos. Entre ellos, dos hombres se disputan su corazón: Orestes y el joven esclavo Davo (Max Minghella) que se debate entre el amor que le profesa en secreto y la libertad que podría alcanzar uniéndose al imparable ascenso de los cristianos.