Una escalofriante ola de atracos está teniendo lugar en Nueva York. La policía no tiene sospechosos, y lo más misterioso de todo es que los criminales son invisibles y absolutamente silenciosos. Los únicos capaces de mantener el orden son unas simpáticas tortugas ninja mutantes que responden a los nombres de Donatello, Leonardo, Raphael y Michaelangelo. Viven en las alcantarillas de la ciudad y les encanta comer pizza. Dirigidas por el maestro Splinter, una descomunal rata de un metro y veinte centímetros, y con la ayuda de la periodista April O'Neil, las Tortugas Ninja están dispuestas a defender el bien y la justicia.