'Godkiller' se sitúa en un oscuro futuro en medio de un colapso económico, a consecuencia de una guerra santa nuclear, y después de que la Tierra sea colonizada por razas alienígenas. Tommy y su hermana pequeña Lucy viven en un orfanato en una de las pocas ciudades-estado que quedan, pero Lucy está gravemente enferma y necesita con urgencia un nuevo corazón. La odisea de Tommy para encontrar un corazón para su hermana comienza cuando sigue a una prostituta ladrona de órganos llamada Halfpipe hasta fuera de la ciudad-estado, adentrándose en la salvaje zona fronteriza llamada Outer City.