Es 2012 y ya han pasado diez años desde los días de aventuras transcurridos entre Odaiba y el Mundo Digimon. A pesar de que cada uno siguió su propio camino, Davis y los otros niños elegidos y sus compañeros Digimon permanecieron unidos por un vínculo inmutable. Entonces, un buen día, un Digimon gigante aparece de repente sobre la Torre de Tokio y envía un mensaje al mundo: "Amigos para todos. Digimon para todo el mundo". Mientras el mundo observa, un joven llamado Rui Owada se presenta ante Davis y sus amigos con un Dispositivo Digital desaparecido. Detrás del nacimiento del niño elegido se oculta el único deseo del joven Rui… Cuando el pasado y el presente se conecten, ¡tendrá lugar la mayor crisis en la historia de Digimon!