Flores en el desierto (México-2009) es un documental de 71 minutos dirigido por Jose Álvarez quien participa en el guión en conjunto con Fernando Fernández, y José Luís Fernández Toulhurst; mientras que producen Hugh Fitzsimons, y Mantarraya Producciones, con el apoyo de Foprocine. El reparto es encabezado por Andrés Carrillo, Joaquín Bautista, Antonio Carrillo, José Bautista, Pedro Villa, y Francisco Bautista.

En Flores en el desierto, los wirrárikas revelan parte de sus secretos más ocultos, con la misión de heredar su sabiduría y lograr el equilibrio del universo wirrarika es el nombre original de los huicholes, una cultura que presume una existencia milenaria, basada en una profunda religiosidad ancestral. Este documental retrata la forma en la que se relacionan con sus deidades a través de los sueños, sus relaciones familiares, con la muerte y con el peyote. Su increíble fe vivencial. Esta vez quieren mostrar sus secretos, con la misión de heredar su sabiduría y lograr elequilibrio del universo. Los wirrarikas habitan muy alto en las montañas, para luego recorrer grandes extensiones en peregrinajes y cacerías de Venado. Los personajes, el peyote, la flor y fuente de sabiduría, el maíz que también son los niños y los ciclos agrícolas y el venado, animal sagrado que coloca en el cielo con sus cuernos al Sol en su punto definitivo; son partes centrales dentro de su complejísima cosmogonía, pero sobre todo los hombres y mujeres que desde ese lejano universo, practican sacrificadamente desde hace miles de años el camino de sus creencias.

Álvarez realizó en 1996 el documental para televisión El silencio de Sarajevo y en el 2006 el cortometraje Venus, resultando Flores en el desierto su ópera prima. Tristemente sólo se estrena con tres copias repartidas en la Cineteca Nacional, Cine Lido, y Cinemanía Loreto.