Al final creo que el director se la juega un poco mezclando la ciencia de la que trata casi toda la película (La universidad de astronomía en la que trabaja John, las charlas de John a su hijo Caleb con el telescopio, las conclusiones que sacan John y su amigo Phil creo que era sobre el sol y los planetas) con la religión mezclando los ángeles convertidos en alienígenas y el árbol con Adán y Eva.

En resumen creo que no se ha decantado al final por ninguna teoría sobre el origen y ha querido unificar la religión con la teoria darwinista

decis que en realidad Leonard era Sami Jerkins, estoy de acuerdo con el primer post en lo que se dice y añado otro aspecto que no leí es que  al final cuando Teddy le dice a Lonard que su mujer era diabetica Leonard recuerda a su mujer dandole un pellizco pero de repente la recuerda pinchandola y luego lo vuelve a recordar pellizcándola por lo que también distorsiona lo cambia a su antojo los pocos recuerdos que le quedan