Antes de empezar a realizar mi análisis creo que es mejor clarificar algunas cosas sobre el argumento:

La pelicula se divide en tres segmentos principales:

- Tomas (Pasado: El conquistador)
- Tommy (Presente: El medico investigador)
- Tom Creo (Futuro: Astronauta/Budista)
Cuando me refiera a los tres simultaneamente utilizaré el nombre de Tom.

La trama principal, que esta presente en las tres historias, trata sobre como Tomas/Tommy/Tom Creo trata de salvar la vida de la persona que ama, en este caso Isabel/Izzi/Arbol de un peligro que en ultima instancia provocará la muerte de ella: Inquisidor/Cancer/Muerte natural del arbol.

Los tres segmentos se entrelazan para ir mostrandonos la evolución de Tomas/Tommy/Tom Creo en cada uno de ellos en su mision/obsesion para salvar a la mujer que ama.

Para mi, el anillo de Tom representa que se siente completo con Isabel/Izzi/Arbol y asimismo que ha aceptado que la muerte es parte de la vida, es la aceptación de que la muerte es algo natural y que la vida eterna es en realidad morir para crear algo nuevo.

El segmento del pasado es evidentemente una ficción, se trata del libro que Izzi ha escrito para ayudar a Tommy a aceptar su muerte en el segmento del presente. Esta claro asimismo que el segmento del pasado representa la vida de Tommy a los ojos de Izzi, un valiente conquistador que trata de salvar desesperadamente a España.

En el segmento del presente es donde se desarrolla la acción propiamente dicha, Izzi tiene un tumor terminal y Tommy busca una cura para salvar a la mujer que ama, Tommy no acepta que Izzi vaya a morir, en lugar de aprovechar sus últimos días juntos Tommy se aleja de Izzi dedicando su tiempo y sus esfuerzos a investigar la cura.

La mayoría de análisis y críticas que he leido dan por supuesto que el segmento del futuro es algún tipo de viaje interior o subconsciente de Tommy, yo no estoy tan seguro, mis razones para creer que podría ser real son:
a) Casi al final de la pelicula Tommy empieza a investigar sobre su descubrimiento para vencer a la muerte.
b) Se muestra mucho detalle y no hay ninguna pista que indique que es irreal.
c) La estructura narrativa de la pelicula es mas sencilla de explicar si toda la pelicula se desarrolla en el futuro y todo lo demas son recuerdos de Tom Creo.
He de admitir que tambien hay razones para pensar que este segmento no es real:
a) Hay determinadas coincidencias temporales (muerte de Izzi/Muerte del árbol de Tom Creo) que no son explicadas.
b) El plano final de Tommy enterrando la semilla con el anillo (aceptación de la muerte de Izzi) queda explicado.

Por lo tanto no estoy seguro de si el segmento del futuro es real o no, por ahora me gusta más pensar que si es real y en eso estoy basando mi teoria.

Ahora viene lo importante:
Suponiendo que el punto de partida es el primer diálogo entre Tommy e Izzi acerca del paseo y la primera nevada, Tommy no acepta ir con Izzi ya que quiere seguir investigando para encontrar una cura a su tumor, al entrar en el quirofano Tommy pierde su anillo (se aleja de Izzi). Tommy prueba el compuesto etnobotanico experimental con el mono.
Izzi le enseña a través del telescopio la nebulosa de Xibalba a Tommy y le cuenta que los Mayas pensaban que las almas renacian allí, Tommy le dice que pensaba que el libro (que esta escribiendo Izzi) "transcurria en España" e Izzi le responde "Empieza en España pero acaba allí" (en Xibalba).

Esa misma noche, en la preciosa escena de la bañera Izzi le dice a Tommy "Tengo miedo". A continuación llaman a Tommy para contarle el descubrimiento antienvejecimiento, él decide centrarse en curar el tumor e ignorar este descubrimiento.
Izzi le da a Tommy el libro para que lo lea. Cuando Izzi y Tommy se encuentran en el museo Izzi le cuenta la historia del Primer Padre, según la mitologia Maya el Primer Padre fue un hombre que se sacrifico para crear el mundo, le creció un árbol encima (le sale literalmente de la tripa) y el mundo fue creado de esta forma, Izzi ve la belleza en ello: "La muerte como un acto de creación". A Izzi le da un ataque y cae desmayada. En el hospital Izzi le dice a Tommy que "ya no tengo miedo". Izzi ha aceptado la muerte como algo inevitable, Tommy no quiere ni escucharlo, Izzi le dice a Tommy que debe acabar el libro. Tommy lee el libro, trata de Tomás, un conquistador Español que debe buscar el Árbol de la Vida para salvar a la reina de la maldad del Gran Inquisidor, Tomás llega hasta una oculta pirámide, allí un sacerdote Maya le clava un cuchillo, el libro acaba justo cuando el sacerdote Maya ("La muerte es el camino del sobrecogimiento") va a rematar a Tomás con su espada de fuego, Tommy debe escribir el final.

Izzi muere, Tommy esta destrozado, no encuentra su anillo y se tatua un anillo con la tinta que Izzi le regaló para acabar el libro, en el entierro de Izzi dice "La muerte es solo una enfermedad y se puede curar". Vuelve al laboratorio y decide investigar el descubrimiento antienvejecimiento.

Salto al futuro, es el año 2506, Tom Creo es un astronauta (posiblemente el último hombre) que cruza el espacio en dirección a la nebulosa de Xibalba, mientras medita recuerda el libro que Izzi le dió para que lo acabara(esto es el principio de la película), pero el no ha podido hacerlo, nunca ha aceptado la muerte de Izzi, en su nave-esfera le acompaña un árbol, el árbol parece Izzi reencarnada, Tom Creo debe comer pedacitos minusculos del árbol para poder sobrevivir, cree que cuando llegue a Xibalba el árbol renacerá y podrá vivir para siempre con Izzi.
A veces le asaltan vívidos recuerdos del pasado, Izzi le dice insistentemente "Acabalo". Tom Creo se enfada. Antes de poder llegar a Xibalba el árbol muere, Tom Creo esta desesperado, ha fallado dos veces en salvar a la mujer que ama, se tatua otro circulo en el brazo, pero antes de acabarlo Izzi le vuelve a insistir: "Acabalo". Tom Creo le dice "No se como" y "Tengo miedo", la imagen de Izzi se convierte en Isabel y entonces Tom Creo comprende por fin, debe aceptar la muerte de Izzi y morir él mismo para unirse por siempre a Izzi, la muerte como un acto de creacion.

Tom Creo decide acabar el libro, sale de su nave-esfera y se enfrenta a Xibalba, recuerda la última parte que escribió Izzi, el sacerdote Maya a punto de acabar con Tomás, Tom Creo acaba el libro: Tomás es el Primer Padre (despues explico esto), el sacerdote le pide perdón y deja que Tomás le sacrifique de forma ritual, Tomás accede al Árbol de la Vida y bebe de la savia, cree que ha alcanzado la vida eterna, pero no es la vida eterna que él cree, a Tomás empiezan a crecerle flores por el cuerpo, muere, pero vuelve a formar parte del árbol, se cierra un circulo.

Al haber acabado el libro Tom Creo vuelve a recuperar el anillo (recupera su conexión con Izzi), se lo pone y muere en la explosión de Xibalba, Tom Creo es el primer padre, sus restos y los del Árbol (que vuelve a florecer tras la explosión) formarán nuevas estrellas, es por lo tanto el Primer Padre y por eso es reconocido por el sacerdote Maya.
Tommy comprende al final que si hubiera acompañado a Izzi el día del paseo para ver la primera nevada, no habría perdido el anillo, habría pasado junto a Izzi los últimos días, Izzi le habría dado una semilla que es la que Tommy habría plantado sobre la tumba de Izzi para que ella viviera eternamente a través del árbol.
Tom por fin esta completo.

Esta es mi visión actual de la pelicula, he de confesar que también me encaja que el segmento del futuro sea irreal, pero por ahora me gusta más esta interpretación, la cual tiene puntos debiles:
- Si el arbol en la tumba de Izzi solo es plantado si Tommy acepta la muerte ¿Qué arbol es el que lleva Tom Creo a Xibalba?
- ¿Como ha llegado el alma de Izzi al Arbol de Tom Creo?